La Secretaría Nacional de Ética y Disciplina conforma el Comité Ejecutivo Nacional de Fuerza Popular, y es competente en primera instancia para resolver los asuntos relacionados al régimen disciplinario de los afiliados y de los candidatos a cargos de elección popular, en lo que corresponda.
Asimismo, sus decisiones son recurribles ante el Tribunal Nacional Disciplinario, que está conformado por la Secretaría General, la Secretaría Nacional de Familia y la Secretaría Nacional de Organización.
Actualmente el cargo de Secretaría Nacional de Ética y Disciplina recae en la afiliada Carmela Paucará Paxi.